根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号，以下简称57号公告），汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。

如何计算总分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款呢？

总机构按以下公式计算分摊税款：总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%

分支机构按以下公式计算分摊税款：所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%

某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例。

举个例子

跨地区经营汇总纳税企业甲公司2020年度应纳税所得额为1000万元，总公司位于上海，在本市设立独立生产经营部门A，另在四川、广东分别设立了分支机构B、C。经三项因素计算，A部门分摊比例为0.4，B分支机构分摊比例为0.3，C分支机构分摊比例为0.3。其中，B分支机构适用西部大开发15%税率优惠政策，总机构、A部门和C分支机构适用税率均为25%。如何计算总公司和分公司分摊就地缴纳的企业所得税款呢？

第一步

总公司统一计算全部应纳税所得额1000万元

第二步

计算划分各公司应纳税所得额

总公司分摊所得额＝1000×50%=500万元

A部门分摊应纳税所得额＝1000×50%×0.4=200万元

B分公司分摊应纳税所得额＝1000×50%×0.3=150万元

C分公司分摊应纳税所得额＝1000×50%×0.3=150万元

第三步

计算不同税率地区的应纳所得税总额

总公司应纳所得税额＝500×25%=125万元

A部门应纳所得税额＝200×25%=50万元

B分公司应纳所得税额＝150×15%=22.5万元

C分公司应纳所得税额＝150×25%=37.5万元

甲公司2020年度应纳所得税总额=125＋50＋22.5＋37.5=235万元，减免所得税额=150×10%=15万元

第四步

向总公司和分公司分摊就地缴纳的企业所得税款

总公司分摊就地缴纳的企业所得税款＝235×50%=117.5万元

A部门分摊就地缴纳的企业所得税款＝235×50%×0.4=47万元

实际总公司分摊就地缴纳的企业所得税款=117.5+47=164.5万元

B公司分摊就地缴纳的企业所得税款＝235×50%×0.3=35.25万元

C公司分摊就地缴纳的企业所得税款＝235×50%×0.3=35.25万元

总分公司分别扣除已预缴的税款，就地办理税款缴库或者退库。